Վահագն Պապյանը ծնվել է Երևանում, նկարիչ Անատոլի Պապյանի և դաշնակահարուհի Ամալյա Բայբուրդյանի ընտանիքում: Դաշնամուր է սովորել Երևանի և Մոսկվայի կոնսերվատորիաներում (պրոֆեսորներ Վ.Սարգսյան և Մ.Վոսկրեսենսկի): 1980թ. ավարտել է Մոսկվայի կոնսերվատորիայի ասպիրանտուրան: Որպես դաշնակահար շահել է Վիանա դա Մոտայի անվան միջազգային մրցույթի 2-րդ մրցանակը (Լիսաբոն, 1979թ.): Վերադառնալով Հայաստան` դասավանդել է Երևանի կոնսերվատորիայում և իբրև դաշնակահար հյուրախաղերով հանդես եկել նախկին ԽՍՀՄ հանրապետություններում և արտասահմանում:
1982-87թթ. Վ.Պապյանն իբրև դիրիժոր ուսանել է Սանկտ Պետերբուրգի կոնսերվատորիայիում (պրոֆեսոր Ի.Մուսին): 1984թ. հանձն է առել ՀՊՖՆ-ի երկրորդ դիրիժորի պաշտոնը, իսկ 1987-1989թթ.` գեղարվեստական ղեկավարի և գլխավոր դիրիժորի պաշտոնը:
1990թ. Վ.Պապյանը տեղափոխվեց Իսրայել. որտեղ 1990թ.-ից դասավանդում է Թել-Ավիվի կոնսերվատորիայում և ղեկավարում “Կամերատա” և “Սիմֆոնիետա” կամերային նվագախմբերը: Նա հանդես է եկել Երուսաղեմի սիմֆոնիկ նվագախմբի և Իսրայելի այլ նվագախմբերի, ղեկավարել է օպերային թատրոնի ներկայացումներ` իբրև հրավիրյալ դիրիժոր: Զուգահեռաբար շարունակվում է նրա` իբրև դաշնակահարի և դիրիժորի գործունեությունը տարբեր երկրներում: